Komisja, Parlament i Rada mogą stanowić częściowo konstytucyjne przepisy poprzez osiągniecie wspólnego porozumienia, zamiast zmieniania istniejącego Traktatu. Te tzw. “miedzyinstytucjonalne” porozumienia są wiążące w stosunku do instytucji będących stronami.
W ten sposób Parlament Europejski otrzymał uprawnienia kontrolowania budżetu UE. Traktat z Nicei dopuszcza porozumienia międzyrządowe tylko gdy wszystkie trzy instytucje biorą w nich udział. Rada domagała się takiego zapisu po tym jak Komisja I Parlament zawarli porozumienie w sprawie dostępu do pewnych tajnych dokumentów.